2004年7月27日，审计厅厅长李高伟受省人民政府委托，向省人大常委会报告2003年度省级财政预算执行和其他财政收支的审计情况，这是历史首次。第一次公开的审计报告，“点名道姓”地指出了四川15个政府部门违规违纪使用、管理财政资金的情况。让四川纳税人第一次在公开渠道清楚地了解到自己的钱是被如何使用的、政府部门每年都在干什么大事，在全省上下引起极大反响。

新闻媒体以“四川审计风暴”为题，进行了多角度连续追踪报道。

这一时期，从“经济卫士”到“免疫系统论”，四川审计人总是敢于创新、勇于亮剑，2008年汶川特大地震抗震救灾款物的审计，更是“审计免疫系统论”的生动实践。

震后，四川省率先出台《四川省突发重特大自然灾害救灾款物审计监督工作应急预案》，审计署在全国转发。审计对抗震救灾款物进行了全程跟踪监督。灾后重建中，省审计厅提出“提前介入、事中审计、全程跟踪、严格监管、有效防范”的工作思路，得到省委省政府领导的肯定，灾后恢复重建跟踪审计过程中，全省审计机关提出审计建议6398条，被采纳并整改5460条，促进部门、单位建立健全规章制度1300项，通过审计，促进1904个项目加快了建设进度，2055个项目改进了工程质量管理，节约资金或挽回损失14.77亿元。这种行之有效的做法，在保障应急抢险阶段救灾款物规范管理，推进灾后恢复重建中发挥了重要作用。

这一时期，四川地方审计法制建设也不断完善，出台了《四川省内部审计条例》，使四川省在内部审计地方性法规建设上走在了全国前列。

2012年11月19日至22日，世界审计组织理事会第63次会议在四川成都召开，审计厅和审计署驻成都特派员办事处为大会的顺利召开提供了会务保障。